宇智波一族被灭族，对木叶乃至整个忍界都意义重大，毕竟这是曾经忍界最强的两大家族之一，到底是什么让这样巨大的一个家族灭亡了呢？难道真的只是因为他们想叛变这么简单？
其实深究起来，木叶本身的问题更大，高层的权力斗争导致了下层家族的动荡。
宇智波一族灭亡的预兆，最早可以追溯到木叶创建之前，当时的斑跟柱间分别代表宇智波一族和千手一族互相征伐，柱间的弟弟扉间杀死了斑的弟弟泉奈，这是一切的开始。
如果这件事没有发生，斑未必会对千手一族有那么深的成见，弟弟的死对斑造成了巨大的影响，这不仅导致了宇智波一族和千手一族和解的推迟，更让斑在和解之后依然没能解开心结。
斑是被柱间牺牲自己的大义感动，才同意共同建立木叶，但除此之外，他对千手一族的一切都不满意，而且在他眼中，初代火影的位置一定应该是由自己来做。
然而大部分忍者家族都投票选择了千手柱间成为领袖，这让斑感到不满。斑本来就是疑心极重的人，当他听到杀了自己弟弟的扉间跟柱间商讨不能让宇智波一族掌权时，斑已经有了反叛的想法。
之后的事情大家都是知道了，斑离开木叶，回来后已经成了想要毁灭木叶的敌人，被柱间打败后销声匿迹。
这件事反倒刺激了扉间。在千手扉间眼中，自己的哥哥太过心软，宇智波斑这个人从头到尾都不能信任，现在他毁灭木叶的行动已经证明了宇智波一族的强大力量和不可预料性。
所以扉间开始明里暗里对宇智波一族进行打压，这种打压在他成为二代火影后到达了极致，他把宇智波一族赶到村子角落，让他们担任警务部队，这种明升暗降的手法大大激化了宇智波一族跟木叶高层之间的矛盾。
如果说在这之前还有一部分宇智波族人站在木叶这边，那么扉间对他们的不信任则把他们赶到了宇智波一族的立场。
但扉间的个人实力太过强大，个人魅力也让木叶众多家族紧紧围绕在他身边，而宇智波一族失去了斑的消息后，一直没有一个足够强大的领袖，于是他们一直在等待，等待一个足够弱小的对手和一个足够强大的朋友。
扉间死后，猿飞日斩成为三代火影，三代的实力不弱，但内心太过软弱，他无法像二代火影那样承受身为领袖的职责，因为身为领袖有时候就是需要做一些令人不齿的事情。这种软弱导致了团藏的崛起，团藏跟猿飞相反，他恰好继承了扉间人性中心狠手辣的一部分。
猿飞和团藏，开始成为木叶的明暗火影。团藏的势力慢慢壮大，甚至拥有了“根”，这几乎是直属火影的“暗部”的一个变种，只不过“根”直属团藏！这样的权力分流和性格问题，让三代火影对木叶的控制能力大大下降，宇智波一族发现了这一届的火影足够软弱，但他们还需要等待一个足够强大的朋友。
多年过去，鼬的横空出世让宇智波一族认为机会已到。鼬是宇智波一族百年不遇的天才，更是已经深入到木叶高层，深得高层信任。积压了无数年的怨恨和委屈在鼬具备强大实力的那一刻开始失控，宇智波一族正式开始密谋叛变。
但他们没想到，鼬的天赋比他们想象的更高，高到了小小年纪已经具备了从火影的角度看待事物的层次。经过反复斟酌，鼬站在了木叶一边，他的目的是让宇智波一族的叛变失败。
即使如此，宇智波一族的叛变想法依然不至于导致他们被灭族，三代火影一贯主张和平解决问题，他想要通过谈话来安抚宇智波一族。
但正如上面所说的，三代火影猿飞的权力过于分散了，团藏和其他的木叶高层感受到了来自宇智波一族的威胁，他们一致认为应该立刻动用武力。这时的猿飞宛如被架空的皇帝，他说什么已经没人听了，大家都想要自保。
于是鼬接到了最终命令——灭亡宇智波一族。后来的事情大家就都知道了。
纵观整件事，一开始其实只是个人恩怨，是斑和扉间之间关系恶化导致了宇智波一族和木叶之间有了问题，虽说扉间认为宇智波一族的大爱大恨才是问题根源，但如果没有扉间的刺激，宇智波一族也不会整齐划一地整族人都从大爱变成大恨。
扉间这一代人逝去后，猿飞和团藏也要为灭族事件负一部分责任，猿飞的责任是他太过仁厚，导致了团藏的篡权，团藏则过于激进，否定了猿飞跟宇智波一族谈话的意图。
最终决定这一切，是一个站在木叶角度思考问题的宇智波族人，他背负着所有的人命和骂名离开木叶，为这几代人的恩怨画上了句点。
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